En el siglo XI Pamplona era una ciudad en trance de despoblación, por lo que los reyes de Navarra, en colaboración con los obispos apoyaron el asentamiento de vecinos, que en el caso de este barrio fueron francos.
El burgo de San Cernin nació bajo el impulso del obispo Pedro de Rada hacia 1100 frente al burgo tradicional de Navarrería. En 1129 Alfonso el Batallador le dio fuero propio, quedando bajo jurisdicción real. Hasta el siglo XV las relaciones con los otros burgos establecidos en el solar de Pamplona (Navarrería y San Nicolás) fueron difíciles. Todos estaban amurallados, sin comunicación directa entre ellos y tenían sus iglesias fortificadas puesto que la rivalidad entre ellos llevó en varias ocasiones a atacar a los barrios vecinos (ver bibliografía).
En 1423 el rey Carlos III decretó la unión de los tres burgos en una sóla entidad, acabando con estas rencillas, aunque las murallas y fosos interiores existieron hasta el siglo XVI.
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