Se construyó a mediados del siglo XVII, junto con las primeras defensas modernas de la ciudad como por ejemplo el Fuerte de San Cristóbal.
Tanto el Fortín de la cabeza del Puente como el Fuerte de San Cristóbal fueron decisivos durante las guerras con Portugal. En uno de los múltiples asedios que sufrió la ciudad por parte del ejército portugués, el del año 1658, la víspera de San Juan, las tropas portuguesas efectúan un ataque que duró toda una noche, consiguiendo ocupar la cabeza del puente, siendo rechazados por el Tercio de la Armada, aunque a costa de muchas bajas propias, incluidas las del Marqués de Lanzarote (gobernador de Badajoz) y varios de sus capitanes. Las tropas portuguesas retroceden y se agrupan cerca del Vado del Moro, fortificando la zona y poniendo de nuevo sitio a la ciudad.
El fuerte fue parcialmente modificado en la segunda mitad del siglo XIX con actuaciones como el alargamiento del tablero sobre el foso para facilitar el tránsito de vehículos.
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