El burgo de San Cernin era uno de los tres que componían la ciudad de Pamplona en la Edad Media, junto con los de Navarrería y San Nicolás. Estos barrios estaban amurallados y enfrentados entre sí, siendo frecuentes los ataques ente ellos, por lo que las iglesias también estaban fortificadas. Hubo una primera iglesia de San Saturnino románica, edificada en el siglo XII, que a su vez lo fue sobre otra anterior.
El burgo de San Cernin nació bajo el impulso del obispo Pedro de Rada hacia 1100 frente al burgo tradicional de Navarrería. En 1129 Alfonso el Batallador le dio fuero propio, quedando bajo jurisdicción real. Hasta el siglo XV las relaciones con los otros burgos establecidos en el solar de Pamplona (Navarrería y San Nicolás) fueron difíciles. Todos estaban amurallados, sin comunicación directa entre ellos y tenían sus iglesias fortificadas puesto que la rivalidad entre ellos llevó en varias ocasiones a atacar a los barrios vecinos. Por esta razón la iglesia parroquial del burgo de San Cernín (Saturnino es el mismo nombre en español que Cernín en francés) está fortificada, cómo la de San Nicolás.
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