Denominado Hisn Aqut durante la dominación musulmana formó parte desde época emiral de la cora de Morón, de la que la villa de Cote era la cabecera de un distrito.
En 1240 con el avance de las tropas castellanas sobre los territorios andalusíes, Cote es entregado por capitulación al rey Fenando III el Santo quien lo donó a su tercer hijo, el infante Don Enrique. En 1253, el castillo es donado por Alfonso X el Sabio al Concejo de Sevilla.
En 1277, la inestabilidad militar con el reino nazarí hace necesaria la reorganización de la frontera y Cote es entregado a la a la Orden militar de Alcántara pasando a formar parte de la Encomienda de Morón. Esta fecha marca el inicio del abandono y progresiva destrucción de la villa, del que logra subsistir el castillo hasta fines del siglo XV como punto de vigilancia de la frontera con Granada.
En 1471, la Encomienda de Morón es cedida al marqués de Villena, quien un año después lo cede a su sobrino, Alfonso Téllez Girón, señor de Osuna y Conde de Ureña.
Formaba una línea de fortificaciones de la llamada "Banda Morisca" con las torres de Lopera y el Bollo y con los castillos de Morón, Aguzaderas y el de El Coronil.
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